1.导致无效的合同不同
首先，我们需要明确，虽然依据《管理办法》等相关规定，转包和挂靠都属违法行为，但根据《中华人民共和国合同法》第五十二条的规定，只有违反法律、行政法规的强制性规定的合同才属无效；我们不能仅依据相关合同或行为违反了《管理办法》（效力层为部门规范性文件）等不属于法律或行政法规范围的法律文件作为合同无效的认定。
其次，《人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》（以下简称"《司法解释一》"）条规定"建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当根据合同法第五十二条第（五）项的规定，认定无效：……（二）没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的……"、第四条规定"承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工合同的行为无效……"。从前述两条规定可以看出，在挂靠关系（如下图）中，无效的是发包人与承包人（被挂靠人）的建设工程施工合同。至于承包人（被挂靠人）与实际施工人（挂靠人）之间的挂靠合同关系是否无效，仍应当具体问题具体分析，不能依据上述规定作出无效的判断。
再次，根据《中华人民共和国建筑法》第二十八条"禁止承包单位将其承包的全部建筑工程转包给他人，禁止承包单位将其承包的全部建筑工程肢解以后以分包的名义分别转包给他人。"之规定，工程转包明确违反上述法律的强制性规定，故在转包关系中（如下图），无效的是承包人（转包人）与接受转包人（实际施工人）之间的转包合同；至于发包人与承包人之间的
建设工程施工合同，除非有证据证明存在其他的无效情形，否则应当仍然有效。
2.各方需承担的具体民事责任有所不同
（1）在工程转包关系中，承包人与实际施工人之间的转包合同无效后，承包人与发包人签订的建设工程施工合同的效力并不受此影响。因此，发包人原则上不能突破合同的相对性与实际施工人直接结算工程价款，仍应与其合同相对人即承包人结算工程价款；并且，根据人民法院在"新疆新世纪成功房地产开发有限公司与青岛建设集团公司建设工程施工合同纠纷上诉案"作出的认定：承包人未经发包人同意将建设工程全部转包给第三人，应当按照实际施工人资质据实结算工程款；发包人非转包合同签订人，不能请求该转包合同无效。
当然，我们也注意到，根据《司法解释一》第二十六条款"实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的，人民法院应当依法受理"、《人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》（以下简称"《司法解释二》"）第二十四条"实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院应当追加转包人或者违法分包人为本案第三人，在查明发包人欠付转包人或者违法分包人建设工程价款的数额后，判决发包人在欠付建设工程价款范围内对实际施工人承担责任。"之规定，在工程转包后，实际施工人可依法突破合同相对性要求发包人承担责任。但是，我们需要准确理解的是，上述规定仍然限定"在查明发包人欠付转包人或者违法分包人建设工程价款的数额后，判决发包人在欠付建设工程价款范围内对实际施工人承担责任"，可见上述规定的前提仍然是，发包人应付工程款的金额是依据发包人与承包人之间的合同关系来查明和认定。
同时，根据《司法解释一》第二十五条"因建设工程质量发生争议的，发包人可以以总承包人、分包人和实际施工人为共同被告提起诉讼。"之规定，因建设工程质量发生争议时，发包人也可要求违法转包关系中的实际施工人承担责任。
（2）在工程挂靠关系中，发包人与承包人之间的合同将被认定无效，那这是否意味着发包人不需要支付工程款了？根据《司法解释一》第二条"建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。"之规定，只要工程竣工验收合格，承包人仍然可请求参照合同约定支付工程价款。
同时，根据《司法解释二》第四条"缺乏资质的单位或者个人借用有资质的建筑施工企业名义签订建设工程施工合同，发包人请求出借方与借用方对建设工程质量不合格等因出借资质造成的损失承担连带赔偿责任的，人民法院应予支持。"之规定，对因出借资质造成的损失，资质出借方应与资质借用方共同向发包人承担连带赔偿责任。
此外，我们注意到，根据人民法院作出的（2017）法民申3613号判决书（天津建邦地基基础工程有限公司、中冶建工集团有限公司建设工程施工合同纠纷案）所认定，在挂靠关系中，实际施工人（挂靠人）并不能依据《司法解释一》第二十六条、《司法解释二》"）第二十四条之规定直接要求发包人支付工程款；而应当待发包人向承包人（被挂靠人）支付工程款后，再向承包人（被挂靠人）主张；或者在承包人（被挂靠人）怠于向发包人主张工程款时，行使代位权。
3.所导致的行政责任也有所不同
在转包关系中：
对有违法转包行为的施工单位，应根据《管理办法》第十五条第（二）款"对认定有转包、违法分包违法行为的施工单位，依据《中华人民共和国建筑法》第六十七条、《建设工程质量管理条例》第六十二条规定进行处罚"及其他相关规定进行处罚。
在挂靠关系中：
① 对认定有挂靠行为的施工单位或个人，应依据《管理办法》第十五条第（三）款"对认定有挂靠行为的施工单位或个人，依据《中华人民共和国招标投标法》第五十四条、《中华人民共和国建筑法》第六十五条和《建设工程质量管理条例》第六十条规定进行处罚"的规定及其他相关规定进行处罚。
② 对认定有转让、出借资质证书或者以其他方式允许他人以本单位的名义承揽工程的施工单位，应当依据《管理办法》第十五条第（四）款"对认定有转让、出借资质证书或者以其他方式允许他人以本单位的名义承揽工程的施工单位，依据《中华人民共和国建筑法》第六十六条、《建设工程质量管理条例》第六十一条规定进行处罚。"之规定及相关规定进行处罚。