1、货物本身敏感
一些发货人不是专业的物流人员，因此对国际物流运输的规则不懂，这就很容易托运一些禁运物品或者敏感货。敏感货物被海关查验的概率要比普货高，通关的时间要比普货长，这些产品在运输时，一般都会延误。
2、海关检查
在起运港或者目的国，海关都会根据自己的政策选择一定比例的集装箱进行查验，这样在一定程度上也会造成物流延迟。关于查验的标准，这个是随机的，被称为“随机海关检查”，通常取决于几个因素，如一国的进出口政策、风险管理等。一旦发生海关查验，不仅运输延迟，还要支付相关费用。
3、操作失误
（1）货物信息填写不规范不完整：如产品数量不正确、申报价值与实际货值不符，就会引起海关的注意，导致物流延误
（2）物流运输方式：货代公司为了节省运费，赚取运费差价，选择价格便宜、运输时间较长的物流运输渠道。
4、自然灾害
由于恶劣天气条件，船舶延误经常发生，比如每年夏天，都会有台风、飓风，这就对船舶运输产生影响：当船舶因恶劣的天气而不得不跳过停靠港；当船舶在港口，但由于恶劣天气而不能离开。
5、港口堵塞
目的港或者起运港港口堵塞，从下半年开始就到了运输的高峰期，特别是各种节假日，会像堵车一样堵港，船只太多，一时半会放行不了。还有就是一些国家经常发生罢工，这也会导致港口堵塞。