在几代人的共同努力下，北医三院已发展成为国内高水平的大型综合性医院，拥有二十个学科为国家临床重点专科建设项目（骨科、药剂科（临床药学）、病理科、专科护理、检验科、消化科、妇科、产科、职业病科、耳鼻喉科、心血管分子生物学与调节肽重点实验室、呼吸内科、神经内科、普通外科、泌尿外科、眼科、麻醉科、康复医学科、成形科（整形外科）、运动医学科），妇产科为国家妇产疾病临床医学研究中心，产科、康复医学科为国家产科专业、国家康复医学医疗质量管理和控制中心。
近年来，医院对外合作取得实质进展，集团化发展初具规模。2018年，受张家口市人民政府和崇礼区政府委托，接管崇礼区人民医院，北医三院崇礼院区揭牌；受北京大学指派，与延安市政府正式签约，托管延安市中医医院，北医三院延安分院揭牌；与首都机场集团公司合作，接管北京首都国际机场医院，北医三院首都国际机场院区揭牌。此外，兵器工业集团北方医院深度合作在即，海淀北部医学中心建设稳步推进，北医三院顺义院区进入筹备阶段。集团化发展战略为学科发展赢得了宝贵的空间，也为医院未来合理布局提供了前所未有的机遇。
北医三院拥有18个北京市住院医师规范化培训专业基地、2个国家卫生健康委员会专科医师规范化培训基地、2个北京市住院医师规范化培训技能考核中心。作为北京大学临床医学院，每年有近800名医学生、350余名博士生、硕士生在此学习。同时，还承担着1500余名进修医生和近400名北京市住院医师规范化培训任务。每年110个和北京市级继续教育项目吸引了全国各地1.1万名学员。
医院连续多年荣获多项荣誉。荣获全国文明单位、全国卫生文化建设先进单位、全国医药卫生系统先进集体、全国医药卫生系统创先争优活动先进集体、全国综合医院中医药工作示范单位、首都十大疾病科技攻关与管理工作核心单位等，神经内科、心血管内科、眼科、运动医学研究所、药剂科等荣获“全国青年文明号”荣誉称号，医院被中华全国总工会授予“模范职工之家”称号。 [2]