王永钧长期从事肾脏病临床及研究，对中医经典和历代名家学术思想颇有研究。
王永钧带领肾内科团队，创建了IgA肾病从虚、瘀、风湿辨治体系，提出IgA肾病五型辨证新方案 。王永钧将中西医融会贯通，总结出了慢性肾病临床演变规律，发展了肾脏病中医辩证理论，提出“风湿致肾病”学说和“肾脏微症积”的肾微观辩证法，完善肾脏病中医微观辨证体系，应用源自中华文化的“象思维”，结合“审病—辨证—治病/证”的临床思维方法，拓展了“四诊”视野 ，在此指导下形成了一套分阶段辩证的方案和系列组方，并在临床、科研与实践中得以运用。
科研项目
截至2021年8月，王永钧已领衔完成国家“十一五”科技支撑计划、国家科技部“八五”“十五”项目等多项重大课题。
发明专利
截至2021年8月，王永钧已获得国家发明专利2项。
42岁男患者余某，6月前开始出现下肢水肿伴尿泡沫增多，医院检查尿蛋白4+，诊断为膜性肾病Ⅰ—Ⅱ期，近3月来，经糖皮质（泼尼松）65mg/d及环磷酰胺针（累积量2.4g），症状、尿检均未见明显改善，且感疲惫、焦虑，遂来求诊。王永钧诊断为肾风水疾，开方14剂，加服对症西药，二诊患者自觉症状改善，下肢水肿有减退迹象。经过近5个月的调理，自觉无不适感，原方案继续，后每月门诊一次，根据患者身体状况加减方，调理六年，各项检查数据基本恢复正常。
后来，王永钧先后拜师俞尚德、张硕甫、王显庭等知名老中医。王永钧经常感叹在医院当中医学徒的日子，是非常艰苦的，每天早上5点钟就要起床煎药，8点钟就要把煎好的药送给医生，然后就开始了的学习。