清掏周期为3～12个月，实际设计中多取3～9个月，而酸性发酵阶段的酸性发酵期为3个月，酸性减退期为5个月左右。实践证明：清掏周期的取定，应兼顾污水处理效果、建设造价、管理三个方面因素清掏周期一般不宜少于12 个月。
第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。第三池：主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
机械清理是一种更加快捷的化粪池清理方式，相较于人工清理能够更加彻底地清理化粪池内的杂质和污垢。通过专业化粪车清理，清洗效果十分明显。不过，机械清理需要使用重型设备，而且操作难度较高，需要有一定的经验和专业技能。
化学清理是一种相对较新的清理方式，它使用化学物质对化粪池进行清洗，同时能够消除异味、除垢效果好。化学清洗是通过环保清理产品，如油垢清洁剂、活性污泥等进行清理，以达到清洁、除臭等目的。这种方法清理效果好，速度快，但是会影响环境健康，需要注意防护措施，防止化学物质对人体造成损害。